Ab Oktober 2000 übernahm Scott die Position des stellvertretenden Ministers für Parlamentsangelegenheiten von seinem Parteikollegen Iain Smith und gab sie Mitte März 2001 an Euan Robson ab.[8] Zwischen Mai 2003 und Juni 2005 war Scott stellvertretender Minister für Finanzen, öffentliche Angelegenheiten und Parlamentsangelegenheiten. Anschließend übernahm er das Amt des Verkehrsministers von Nicol Stephen und übte es bis Mai 2007 aus.[2] Im August kandidierte Scott als Nachfolger des scheidenden Nicol Stephen als Vorsitzender der Schottischen Liberal Democrats und wurde mit einem Stimmenanteil von 59 % gewählt.[9] Als Reaktion auf das schlechte Ergebnis der Liberal Democrats bei den Parlamentswahlen 2011 trat Scott als Vorsitzender zurück.[10]Willie Rennie wurde als Scotts Nachfolger gewählt.[11]
Im Juni 2019 gab Scott die Aufgabe seines Parlamentssitzes für den darauffolgenden Monat bekannt, um stattdessen einen Posten beim schottischen Rugbyverband zu übernehmen.[12] In einer Nachwahl am 29. August 2019 ging sein Sitz an die Liberaldemokratin Beatrice Wishart, obwohl sie fast 20 Prozent weniger Stimmenanteil erhielt als Scott.[13]
