Nach dem Schulbesuch leistete Manke ab 1986 Zivildienst. 1988 nahm er ein Studium der Rechtswissenschaft auf, das er 1993 mit dem Ersten Juristischen Staatsexamen abschloss. Im Anschluss daran absolvierte er das Referendariat beim Oberlandesgericht Braunschweig. 1995 legte er das Zweite Juristische Staatsexamen ab.
Manke trat in die SPD ein und wurde 1999 zum Vorsitzenden des SPD-Ortsverbandes Goslar gewählt. Er ist Vorstandsmitglied des Braunschweiger SPD-Bezirkes.[1] Im Anschluss an die Kommunalwahlen in Niedersachsen 2006 wurde er mit 52,6 % der abgegebenen Stimmen zum hauptamtlichen Landrat des Landkreises Goslar gewählt. Das Landratsamt leitete er vom 1. November 2006 bis zum 19. Februar 2013, als er als Staatssekretär ins Niedersächsische Ministerium für Inneres und Sport wechselte.
Stephan Manke ist verheiratet und hat zwei Kinder.