Die Kapelle beherbergt auf der Empore seit 1984 das Orgelpositiv eines unbekannten Erbauers aus dem 18. Jahrhundert, ursprünglich aus der katholischen Kapelle St. Petrus und Paulus in Hendungen stammend und noch früher in der katholischen Pfarrkirche St. Blasius in Hirblingen aufgestellt. Während seine Holzpfeifen noch weitgehend original erhalten sind, wurden die metallenen 1961 und 1984 von der Firma Hoffmann neugefertigt.[1]
Das zuletzt 2009 von der Firma Hey Orgelbau restaurierte Instrument verfügt heute über sechs Register auf einem Manual und angehängtem Pedal. Beide Klaviaturen besaßen ursprünglich eine kurze Oktave ab C – sie wurden bei der Ergänzung der chromatischen Halbtöne jedoch nicht erweitert, so dass die tiefste spielbare Note der Orgel inzwischen E ist. Die Disposition des Positivs lautet:[1]
Helmut Schlereth: Sebastianuskapelle ("Spitalkirche"), in: Die Inschriften und Steinmetzzeichen der Stadt Mellrichstadt, Mellrichstadt 2019, S. 170 ff.