In die Siedlung Weimar-Schöndorf kamen 1941 viele deutsche Katholiken aus Rumänien. Der Gottesdienst fand zunächst in der Schule bzw. in einem Gasthofsaal statt. Seit 1947 bildet dieser Bezirk der Pfarrei Weimar einen eigenen Seelsorgebezirk, zuerst mit Sitz in Liebstedt, seit 1954 mit Weimar-Schöndorf als dem Seelsorgezentrum. Nachdem bei der katholischen Jugend des Generalvikariats Erfurt der Wunsch aufgekommen war, der Schreckensstelle Buchenwald auf dem Ettersberg eine Stätte des Friedens entgegenzusetzen, wurde ein Kirchenbau geplant. Da 1954 der 1200-jährige Todestag des heiligenBonifatius gefeiert wurde, bekam die Kirche das Bonifatius-Patrozinium.
Die Kirche wurde ab 1955 erbaut und am 26. Mai 1957 durch den WeihbischofJoseph Freusberg geweiht. Darstellungen aus dem Leben des heiligen Bonifatius wurden über dem Eingangsportal angebracht.
Im Jahr 1995 kamen vier Karmelitinnen aus dem Karmel Heilig Blut in Dachau nach Weimar-Schöndorf und gründeten dort den Karmel St. Theresa, die Schwestern wohnten im Pfarrhaus der St.-Bonifatius-Kirche. Die Sakristei wurde zu einer Kapelle für die Schwestern umgestaltet. Es war die erste Klosterneugründung in den neuen Bundesländern nach 1990. Im Mai 2020 wurde die Ordensniederlassung wieder aufgelöst.
Das zuständige Pfarramt ist die Katholische Pfarrei Herz Jesu Weimar in der Paul-Schneider-Straße 3, ehemaligen Lottenmühle.
Verena Schädler: Katholischer Sakralbau in der SBZ und in der DDR. Verlag Schnell & Steiner, Regensburg 2013, ISBN 978-3-7954-2675-0, S. 76, 90, 93–94, 146–147, 308, 351.
↑Gerd Seidel, Walter Steiner: Baustein und Bauwerk in Weimar (= Weimarer Schriften. Heft 32), Ständige Kommissionen Kultur der Stadtverordnetenversammlung Weimar und des Kreistages Weimar-Land in Zusammenarbeit mit dem Stadtmuseum Weimar, Weimar 1988, ISBN 3-910053-08-4, S. 28.
Kirchen der Pfarrei Herz Jesu Weimar im Bistum Erfurt