Seit der Spielzeit 2013/14 ist er festes Ensemblemitglied am Schauspiel Köln.[2] In der Spielzeit 2013/14 war er dort der „diabolische Playboy und Kreativitäts-Aussteiger“ Francisco D’Anconia in der Uraufführung des Theaterstücks Der Streik nach Ayn Rands Bestseller-Roman aus dem Jahr 1957.[4] Am Schauspiel Köln trat er außerdem als Wiedergänger in Helenes Fahrt in den Himmel (2014, Text und Regie: Jens Albinus), in den Rollen Mutter/Havlitschek/der Conferencier in Geschichten aus dem Wiener Wald (2015, Regie: Stefan Bachmann), als Virgil in Die göttliche Komödie (2015, Regie: Sebastian Baumgarten) und als Dmitry Nikitsch Kossych in Iwanow (2016, Regie: Robert Borgmann) auf.
In der Spielzeit 2016/17 verkörperte er, wie zuvor in Zürich, am Schauspiel Köln erneut den Biff Loman; diesmal in einer Inszenierung von Rafael Sanchez.[5] Außerdem sprach er die Texte des Journalisten Doğan Akhanlı im Stück Istanbul von Nuran David Calis, der bei dieser Uraufführung auch Regie führte.[6] In der Spielzeit 2017/18 übernahm er die Titelrolle in der Woyzeck-Inszenierung der schwedischen Regisseurin Therese Willstedt.[7][8] Zur Spielzeit 2024/25 wechselte McDonagh als festes Ensemblemitglied zum Wiener Burgtheater.[9]
McDonagh wirkte auch in einigen internationalen Kinoproduktion mit. Er steht außerdem regelmäßig für deutsche TV-Produktionen vor der Kamera. In der ZDF-Krimireihe Das Duo spielte er in dem Film Das Duo: Verkauft und verraten (Erstausstrahlung: August 2008), an der Seite von Paula Kalenberg, den Schwiegersohn Max Hammersen. Er hatte Episodenrollen u. a. in den Fernsehserien Post Mortem – Beweise sind unsterblich (2008, als Prof. Dr. Mark Neumann), Küstenwache (2010, als Tobias Matani), Heldt (2015, als Aussteiger Jan, der in einer Kleingartenkolonie lebt) und SOKO Köln (2017, als verzweifelter Selbstmörder Erik Zander).
Seit der 9. Staffel (2023) spielt Seán McDonagh in der ZDF-Fernsehreihe Lena Lorenz den Naturfotografen Rob Manzini, der in der 10. Staffel der neue Lebenspartner der Titelfigur wird.[13][14]
McDonagh, der regelmäßig Lesungen gibt und als Rezitator hervortritt, ist außerdem als Dozent für Szenenstudium an der Kölner Schauspielschule der Keller tätig.[2] Er lebt in Köln.[1]