Prödl spielte in der Jugend für den SV Kirchberg, den SV Feldbach und wechselte 2002 zum SK Sturm Graz. Sein Debüt für Sturm in der österreichischen Bundesliga gab er am 9. Dezember 2006 bei der 0:1-Auswärtsniederlage gegen den SV Mattersburg. Fünf Monate später, am 9. Mai 2007, erzielte er seinen ersten Bundesligatreffer für Sturm Graz. Das Kopfballtor zum 1:0 gegen SCR Altach bedeutete gleichzeitig den Sieg für seine Mannschaft. Prödl wurde in der Saison 2007/08 fester Bestandteil der Innenverteidigung von Sturm Graz und hatte Anteil an der Qualifikation zum UI-Cup.
Zur Saison 2008/09 wechselte er nach Deutschland zu Werder Bremen. Er unterschrieb einen Vertrag bis zum 30. Juni 2012. Am 9. August gab Prödl sein Pflichtspieldebüt im Trikot der Werderaner beim Spiel Eintracht Nordhorn gegen Werder Bremen. Bei diesem DFB-Pokal-Spiel der 1. Runde stand er in der Startformation. Das Spiel endete mit einem 9:3-Sieg der Bremer. Am 16. August gab er beim Auswärtsspiel in Bielefeld sein Bundesligadebüt. Im letzten Spiel der Hinrunde 2008 gegen den VfL Wolfsburg verletzte sich der Österreicher am Sprunggelenk, weshalb er die Wintervorbereitung und das Trainingslager in Belek verpasste.
Am 18. März 2009 erzielte er im Achtelfinale des UEFA-Pokals seinen ersten Pflichtspieltreffer für Werder. Im Rückspiel gegen AS Saint-Étienne erzielte er beim 2:2 den 1:0-Führungstreffer.[1] Prödl erreichte mit Werder im weiteren Verlauf des Wettbewerbs das Finale, das man allerdings mit 1:2 n. V. gegen den ukrainischen Verein Schachtar Donezk verlor. In der Bundesliga kam er bis zum Ende der Saison auf 22 Einsätze. Nach der Saison gewann er mit Werder Bremen den DFB-Pokal 2008/09, wobei er im Finale gegen Bayer 04 Leverkusen über die volle Zeit spielte. Am 21. Jänner 2012 zog er sich beim Spiel gegen den 1. FC Kaiserslautern einen Oberkiefer- und Nasenbeinbruch und eine Gehirnerschütterung zu, als Dorge Kouemaha ihn bei einem Fallrückzieher mit dem Fuß im Gesicht traf, was eine zweimonatige Pause nach sich zog.[2] Am 11. März 2012 gab er sein Comeback und traf dabei per Kopf zum zwischenzeitlichen 2:0 gegen Hannover 96.[3]
Am 2. Mai 2012 verlängerte Prödl seinen zum Saisonende auslaufenden Vertrag bis zum 30. Juni 2015.[4]
Nach Auslaufen seines Vertrages wechselte Prödl zur Saison 2015/16 in die Premier League zum FC Watford, der ihn mit einem Vertrag bis zum 30. Juni 2020 ausstattete.[5] Sein Debüt gab er am 8. August 2015 (1. Spieltag) beim 2:2-Unentschieden im Auswärtsspiel gegen den FC Everton von Beginn an. In seinen ersten drei Saisonen gehörte Prödl noch dem Stamm der Mannschaft an, in den Saisonen 2018/19 und 2019/20 kam er jedoch nur jeweils zu einem Ligaeinsatz. Im Jänner 2020 wurde sein Vertrag bei Watford aufgelöst.[6] Daraufhin wechselte er im Februar 2020 nach Italien zu Udinese Calcio, wo er einen bis Juni 2021 laufenden Vertrag erhielt.[7] In Udine kam er allerdings, auch aufgrund von Verletzungen, nie zum Einsatz. Nach seinem Vertragsende verließ er den Verein.
Nach fast einer Spielzeit ohne Klub verkündete Prödl im Juni 2022 im Alter von 34 Jahren sein Karriereende.[8]
Nationalmannschaft
Seinen ersten Einsatz für die A-Nationalmannschaft hatte Prödl am 30. Mai 2007 in einem Freundschaftsspiel gegen Schottland.
Zwischen Juni und Juli 2007 nahm er als Kapitän der österreichischen U-20-Nationalmannschaft an der Junioren-Weltmeisterschaft 2007 in Kanada teil, bei der man den vierten Platz belegte. Durch seine Leistungen in Kanada wurde er von der La Gazzetta dello Sport ins All-Star-Team des Turniers gewählt. Er erzielte ein Tor und stand bei allen acht Partien über die volle Spielzeit auf dem Feld.
Prödl nahm an der Europameisterschaft 2008 in Österreich und der Schweiz teil, bei der er in zwei Spielen zum Einsatz kam. Die Spiele gegen die Auswahl Kroatiens und Polens spielte er durch. Im Spiel gegen Polen wurde er von Mariusz Lewandowski im Strafraum zu Fall gebracht. Den fälligen Elfmeter verwandelte Ivica Vastić kurz vor Spielschluss zum 1:1. Da Prödl in beiden Spielen die gelbe Karte sah, war er im dritten Gruppenspiel gegen Deutschland gesperrt.
Bei der Fußball-Europameisterschaft 2016 in Frankreich wurde er in das Aufgebot Österreichs aufgenommen. In der zweiten Partie gegen Portugal, die 0:0 endete, stand er einmal über die volle Spielzeit auf dem Platz. Im entscheidenden Spiel gegen Island hatte er seinen zweiten Einsatz, wurde aber beim Stand von 0:1 bereits in der Halbzeit ausgewechselt. Mit einem Punkt aus den Gruppenspielen wurde das Team Tabellenletzter und schied aus.
Prödl ist der Cousin der Fußballspieler Viktoria und David Schnaderbeck. Im Juni 2019 heiratete er seine langjährige Freundin Nina Gamauf. Zuvor wurden sie im Herbst 2018 Eltern einer Tochter.