Das 137 Hektar große Schutzgebiet Salemer Klosterweiher gehört naturräumlich zum Bodenseebecken. Die acht Teilflächen liegen nördlich von Uhldingen-Mühlhofen, südwestlich der Salemer Ortsmitte und westlich des Ortsteils Mimmenhausen auf einer Höhe von 409 bis 460 m ü. NN.
Die eingebetteten Weiher – unter anderem Bifangweiher, Egelsee, Killenweiher, Markgräfinweiher, Martinsweiher, Olsenweiher und der Mendishauser Weiher beim Affenberg Salem – sind über Gräben miteinander verbunden, dienten der Reichsabtei Salem ehemals als Fischweiher und wurden über Jahrhunderte entsprechend bewirtschaftet. Gezüchtet wurden Karpfen, Forellen, Schleie und Hechte.[2]
Wesentlicher Schutzzweck ist die Erhaltung und Aufwertung des Schutzgebiets mit Röhrichtbeständen, Erlen-Eschenwald und Buchenmischwald. Es gilt als Vogelrastgebiet von nationaler Bedeutung und wurde 2003 zum Europäischen Vogelschutzgebiet erklärt. Hier brüten oder rasten Zwerg- und Schwarzhalstaucher, Kolbenenten, Wasserralle, Drosselrohrsänger und Tafelenten.[3] Das Schutzgebiet gilt als eines der wichtigsten Brutvorkommen von Drosselrohrsänger (Acrocephalus arundinaceus), Kolbenente (Netta rufina) und Zwergdommel (Ixobrychus minutus).
Aus der schützenswerten Fauna sind außerdem folgende Spezies zu nennen:
Regierungspräsidium Tübingen (Hrsg.): Managementplan für das Vogelschutzgebiet 8221-401 „Salemer Klosterweiher“. Bearbeitet von W. HERTER, F. WAGNER, H. STARK, U. REINHARD (INA Südwest). 1. August 2011 (60 S., baden-wuerttemberg.de [PDF]).
