Saint-Albain liegt etwa 16 Kilometer nordnordöstlich des Stadtzentrums von Mâcon an der Saône, die die Gemeinde im Osten begrenzt. Umgeben wird Saint-Albain von den Nachbargemeinden Viré im Norden und Nordwesten, Fleurville im Norden und Nordosten, Reyssouze im Osten und Nordosten, Boz im Osten und Südosten, La Salle im Süden sowie Clessé im Westen.
Die Gemeinde gehört zum Weinbaugebiet Bourgogne. Durch die Gemeinde führt die Autoroute A6.