Auf den Fahrplanwechsel vom 14. Dezember 2008 wurde für die Regionalzuglinien im Kanton Aargau eine S-Bahn-Nummerierung eingeführt. Diese S-Bahn Aargau wurde als Ergänzung zu den benachbarten S-Bahn-Netzen Zürich, Basel und Zentralschweiz konzipiert.
Die Liniennummern wurden im 20er Bereich gewählt (mit Ausnahme der S14 Menziken–Aarau–Schöftland), damit keine Konflikte mit den angrenzenden in den Kanton Aargau hineinführenden S-Bahn-Linien entstehen.
Neue Haltestellen wurden nicht gebaut, auch wurde kein neues Rollmaterial beschafft. Es handelt sich im Wesentlichen um eine Neubezeichnung der bereits existierenden Bahnverbindungen. Vereinzelt wurden jedoch gewisse Linienführungen geändert (z. B. Durchbindung Langenthal – Baden) und teilweise auch der Fahrplan verdichtet.
Fahrplan: Täglich Stundentakt bis Mitternacht zwischen Baden und Langenthal sowie um eine halbe Stunde versetzt zwischen Olten und Langenthal bis 20 Uhr.
Fahrplan: Täglich Stundentakt zwischen Olten und Rotkreuz sowie um eine halbe Stunde versetzt zwischen Lenzburg und Rotkreuz. Montags bis freitags morgens und abends zusätzliche Züge zwischen Muri und Lenzburg bzw. Aarau.
Zwischen 2008 und 2010 konnten wegen ungenügender Streckenkapazität zwischen Hendschiken und Lenzburg nur die Aarauer S26-Züge über Lenzburg verkehren. Die Zwischenzüge endeten in Othmarsingen, wo auf die Linie S3 oder S23 umgestiegen werden musste.
Fahrplan: Täglich 30-Minuten-Takt bis Mitternacht zwischen Koblenz und Baden. Von Koblenz verkehrt der Zug alle 60 Minuten nach Waldshut und versetzt alle 60 Minuten nach Bad Zurzach.
Bis Ende 2018 montags bis freitags in der HVZ verlängerte Züge nach Olten und Langenthal, die nun durch die Verlängerung der S 26 nach Olten und Zusatzzüge der S 23 zwischen Olten und Langenthal abgedeckt werden.
Ende 2019 wurde die S8 Sursee – Olten mit der S29 der S-Bahn Aargau verknüpft. Dadurch hat Zofingen erstmals direkte Züge nach Aarau ohne Umsteigen in Olten.
Fahrplan: Täglich 30-Minuten-Takt bis Mitternacht zwischen Basel und Stein-Säckingen. Von Stein-Säckingen verkehrt der Zug alle 60 Minuten nach Laufenburg und versetzt alle 60 Minuten nach Frick.
Fahrplan: 15-Minuten-Takt montags bis freitags bis 20 Uhr Bremgarten West – Dietikon, täglich 30-Minuten-Takt bis Mitternacht Wohlen – Bremgarten – Dietikon
Rollmaterial: Stadler Diamant, BDe 8/8, Be 4/8 (diese werden mit der Ablieferung der «Diamant» sukzessive an die WSB übergeben) Spurweite: 1000mm (Meterspur)
