Ballantyne war der jüngste Sohn des Verlegers Alexander Thomson Ballantyne (1776–1847) und dessen Ehefrau Anne (1786–1855); sein Onkel väterlicherseits, James Ballantyne (1772–1833) führte eine bekannte Druckerei. Durch den Börsenkrach von 1825 wurde die Fa Ballantyne & Co. insolvent und musste Konkurs anmelden.
1841 ging Ballantyne nach Kanada und arbeitete bis 1846 dort für die Hudson’s Bay Company. Seine Erlebnisse u. a. als Aufkäufer für Pelze bildeten später eine Grundlage für einige seiner Romane. Über New York kehrte Ballantyne 1847 wieder nach Schottland zurück.
Durch die politische Lage in Europa zerschlugen sich 1848 einige Reisepläne Ballantynes und so konnte er in diesem Jahr mit seinem Werk „Hudson’s Bay“ erfolgreich debütieren.
Am 31. Juli 1866 heiratete Ballantyne in Edinburgh Jane Grant (1845–1924) und hatte mit ihr drei Töchter und drei Söhne.
Als erfolgreicher Schriftsteller ließ sich Ballantyne zusammen mit seiner Familie in Harrow (London) nieder. Im Oktober 1893 reiste er in Begleitung einer seiner Töchter nach Rom, da ihm das dortige Klima förderlicher für seine Gesundheit schien. Am 8. Februar 1894 starb Robert Michael Ballantyne an Morbus Menière[1] und fand seine letzte Ruhestätte auf dem protestantischen Friedhof von Rom (Testaccio).
Ehrungen
1979 wurde vom Greater London Council Ballantynes ehemaliges Wohnhaus in der Mount Park Road (Harrow) mit der Blue Plaque Nr. 461 ausgezeichnet.