MacDonald spielte zunächst, während seines Promotionsstudiums an der University of Glasgow, in einer Indieband Gitarre, dann spielte er Jazz in verschiedenen Bands. Mitte der 1990er Jahre bat ihn George Burt seiner Gruppe beizutreten und zum Saxophon zu wechseln. Er spielte weiterhin in einem gemeinsam mit Burt geleiteten Quartett, das sich bis zum Oktett erweiterte, dem zeitweilig auch Lol Coxhill angehörte (Tsunami, 2000).
MacDonald war zudem als künstlerischer Leiter des Musikprojekts Sounds of Progress tätig, das mit Menschen mit Behinderungen arbeitete; er forschte weiterhin zu den therapeutischen Möglichkeiten von Musik. Als Professor lehrte er bis 2012 an der Glasgow Caledonian University, seitdem gehört er zum Lehrkörper des Edinburgh College of Art, wo er die Reid School of Music leitet und dort Musikpsychologie und Improvisation lehrt. Er schrieb eine Reihe von Artikeln und Bücher, u. a. Musical Identities (2002), Musical Communication (2005), Music Health and Wellbeing (2012) und Musical Imaginations (2012). Er komponierte ferner Musik für Film, Fernsehen, Theater, Radio und Kunstinstallationen.
