1858 veröffentlichte Sclater eine Abhandlung in der Zeitschrift Proceedings of the Linnean Society. Er stellte sechs zoologische Regionen zusammen, die er Palaearctisch, Aethiopisch, Indisch, Australasisch, Nearctisch und Neotropisch nannte. Diese zoologischen Regionen sind immer noch gültig, konnten aber von Alfred Russel Wallace präzisiert werden.
Im Jahre 1864 veröffentlichte er im Quarterly Journal of Science einen Aufsatz, in dem er auf die Ähnlichkeit gewisser Primatenfossilien in Indien und auf Madagaskar hinwies, und die Vermutung aufstellte, dass es einen später untergegangenen Kontinent Lemuria gegeben habe, der Afrika und Indien verbunden hatte, und wurde so zu einem der Hauptvertreter der Landbrücken-Hypothese.
Zu Sclaters wichtigeren Werken gehörten Exotic Ornithology (1866–69) und Nomenclator Avium (1873), beide zusammen mit Osbert Salvin, Argentine Ornithology (1888–89) mit William Henry Hudson und The Book of Antelopes (1894–1900) mit Oldfield Thomas.
Mehrere Tierarten sind nach Philip Sclater (zu erkennen am Artbeinamen sclateri oder sclateriana) benannt worden, wie z. B. der Kronenpinguin (Eudyptes sclateri), die Sclater-Spitzmaus (Sorex sclateri) und der Weißschwanz-Glanzfasan (Lophophorus sclateri).
Schriften (Auswahl)
Description de six Oiseaux nouveaux appartenant à la collection du Muséum d'histoire naturell de Paris. In: Revue et magasin de zoologie pure et appliquée (= 2. Band4). 1852, S.8–9 (biodiversitylibrary.org).
mit Émile Deville: Description d'une nouvelle espèce de Cotinga provenant de l'expédition de MM de Castelnau et Deville dans l'Amérique du sur. In: Revue et magasin de zoologie pure et appliquée (= 2. Band4). 1852, S.226–227 (biodiversitylibrary.org).
Synopsis of the Fissirostral Family Bucconidæ Accompanied by Four Coloured Plates of Hitherto Unfigured Species. Samuel Highley, London 1854 (google.de).
Characters of some new imperfectly-described species of Tanagers. In: Proceedings of the Zoological Society of London. Band22, Nr.266, 1855, S.95–98 (englisch, biodiversitylibrary.org – 1854).
On two new species of Dacnis, and the general arrangement on the Genus. In: Proceedings of the Zoological Society of London. Band22, 1855, S.251–252 (biodiversitylibrary.org – 1854).
Synopsis Avium Tanagrinarum - A descriptive Catalogue of the known species of Tanagers. In: Proceedings of the Zoological Society of London. Band24, 1856, S.230–281 (biodiversitylibrary.org).
A monograph of the birds forming the tanagrine genus Calliste; illustrated by coloured plates of all the known species. John Van Voorst,, London 1857 (biodiversitylibrary.org).
Review of the species of the Fissirostral Family Momotidal. In: Proceedings of the Zoological Society of London. Band25, Nr.342, 1857, S.248–260 (biodiversitylibrary.org).
On a Collection of Birds received by M. Auguste Sallé from Oaxaca in Southern Mexico. In: Proceedings of the Zoological Society of London. Band26, 1858, S.294–305 (biodiversitylibrary.org).
Note on the Deer of Formosa. In: Proceedings of the Scientific Meetings of the Zoological Society of London for the Year 1862. 1862, S.150–152 (biodiversitylibrary.org).
Descriptions of Seven new species of Birds discovered by the late Dr. John Natterer in Brazil. In: Proceedings of the Scientific Meetings of the Zoological Society of London for the Year 1864. 1864, S.605–611 (biodiversitylibrary.org).
Description of a new Species of Tananger of the genus Iridornis. In: The Ibis (= 2. Band1). 1865, S.495–496 Tafel XI (biodiversitylibrary.org).
Descriptions of six new species of American Oscines. In: Proceedings of the Scientific Meetings of the Zoological Society of London of the Year 1866. 1866, S.320–324 (biodiversitylibrary.org).
mit Osbert Salvin: Description of New or little-known American Birds of the Families Fringillidae, Oxyrhamphidae, Bucconidae, and Stringidae. In: Proceedings of the Scientific Meetings of the Zoological Society of London For the Year 1868. 1868, S.322–329 (biodiversitylibrary.org).
mit Osbert Salvin: Description of Four New Species of Birds from Veragua. In: Proceedings of the Scientific Meetings of the Zoological Society of London for the Year 1868. 1868, S.388–390 (biodiversitylibrary.org).
mit Osbert Salvin: Notes on the Species of the Genus Asturina. In: Proceedings of the Scientific Meetings of the Zoological Society of London for the Year 1869. Band3, 1869, S.129–134 (biodiversitylibrary.org).
mit Osbert Salvin: Characters of new Species of Birds collected by Dr. Habel in the Galapagos Islands. In: Proceedings of the Scientific Meetings of the Zoological Society of London for the Year 1870. 1870, S.322–327 (biodiversitylibrary.org).
Notices of some new or little-known Species of South-American Birds. In: Proceedings of the Scientific Meetings of the Zoological Society of London for the Year 1870. 1870, S.328–330 (biodiversitylibrary.org).
mit Osbert Salvin: On Venezuelan Birds collected by Mr. A Goering. In: Proceedings of the Scientific Meetings of the Zoological Society of London for the Year 1870. 1871, S.779–788 (biodiversitylibrary.org – 1870).
The new bird of Paradise. In: Nature a weekly illustrated Journal of Science. Band8, Nr.198, 1873, S.305–306 (biodiversitylibrary.org).
Characters of new species of Birds discovered in New Guinea by Signor d'Albertis. In: Proceedings of the Scientific Meetings of the Zoological Society of London for the Year 1873. 1873, S.690–698 (biodiversitylibrary.org – 1874).
Some additional Species of Birds from St. Lucia, West Indies. In: Proceedings of Scientific Meetings of the Zoological Society of London for the Year 1876. 1876, S.13–14 (biodiversitylibrary.org).
Preliminary Remarks on Neotropical Pipits. In: The Ibis (= 4. Band2). Nr.7, 1878, S.356–367 (biodiversitylibrary.org).
Catalogue of the Passeriformes, or Perching Birds in the collection of the British Museum (= Fringilliformes: Part II containing the families Cœrebidæ, Tanagridæ and Icteridæ. Band11). Printed by the Order of the Trustees, London 1886 (biodiversitylibrary.org).
On some little-known Species of Tanagers. In: The Ibis (= 5. Band3). 1887, S.271–275 (biodiversitylibrary.org).
Notes on Paramythia montium and Amalocichla sclateriana. In: The Ibis (= 6. Band5). Nr.18, 1893, S.243–246 (biodiversitylibrary.org).