Die Entstehung Tschechiens am 1. Januar 1993 erlebte Štefka als Dozent der Militärakademie Brünn, nachdem er zuvor für Fragen der operativen Führung einer Panzerdivision zuständig gewesen war. Im Jahr 1994 wurde er Kommandeur der ebenfalls in Brünn stationierten 6. mechanisierten Brigade (die von 1994 bis 1997 bestand) und 1996 stellvertretender Kommandeur des 2. Armeekorps in Olomouc. Als das Korps 1997 in das KommandoLandstreitkräfte (velitelství pozemních vojsk) überführt wurde, übernahm er dort den Posten des Stabschefs. Im Jahr 2000 wechselte er in den Generalstab, wo er zunächst als Stabshauptabteilungsleiter Operative Führung fungierte. Zwei Jahre später erfolgte seine Ernennung zum Chef des Generalstabs der tschechischen Streitkräfte; diesen Posten hatte er bis 2007 inne.
Im Jahr 2008 nahm Štefka eine Tätigkeit als Berater des Automobilherstellers Tatra auf.
Štefka spricht außer seiner Muttersprache noch Englisch und Polnisch. Er ist verheiratet und Vater von drei Töchtern.
