Nach mehrjähriger Tätigkeit in der Seelsorge und als Leiter des Noviziats wurde er Regionaloberer der Deutschschweizer Kapuziner und 1989 Provinzial der Schweizer Kapuziner. 1994 wurde Paul Hinder in den Generalrat des Kapuzinerordens gewählt mit Zuständigkeit für die deutsch- und französischsprachigen Provinzen sowie für die Kapuziner im Nahen Osten.
Mit der Aufteilung des Apostolischen Vikariats Arabien in ein Apostolischen Vikariats Südliches Arabien und ein Apostolisches Vikariat Nördliches Arabien übernahm Paul Hinder am 31. Mai 2011 das Apostolische Vikariat Südliches Arabien, das mit über 900.000 Quadratkilometern Fläche eine der weltweit flächengrößten Diözesen ist. Es umfasst die Länder Jemen, Oman, die Vereinigten Arabischen Emirate (VAE). Katar, Bahrein und Saudi-Arabien bilden seit 2011 das Apostolische Vikariat Nördliches Arabien mit 2.180.000 Quadratkilometern. Paul Hinder betreute vor allem über eine Million internationale Christen, die auf der arabischen Halbinsel beruflich tätig sind, darunter auch alle orientalischen Riten-Kirchen in Arabien, zum Beispiel Maroniten aus dem Libanon oder Syro-Malabaren und Syro-Malankaren aus Indien.
Als leitendem christlichem Seelsorger in ausschließlich muslimisch geprägten Ländern waren Paul Hinder bezüglich Sozialkritik (z. B. der Arbeitsbedingungen der ausländischen Angestellten) unter der Gefahr der Ausweisung weitgehend die Hände gebunden.[3] Bezüglich der angeblichen Gefahr des Islam für Europa meint er, dass nach seinem Dafürhalten die Gefahr in der religiösen Lauheit der Europäer liege.[4]
Nach dem Tod von Camillo Ballin MCCI, Bischof und Apostolischer Vikar im Nördlichen Arabien und Kuwait, Mitte April 2020 übernahm Hinder auf Bitten von Papst Franziskus am 13. Mai 2020 als Apostolischer Administrator bis zum Amtsantritt von Ballins Nachfolger am 18. März 2023 auch die Verwaltung des Vikariates für das Nördliche Arabien mit Bahrain, Katar und Saudi-Arabien.[5]
Papst Franziskus nahm am 1. Mai 2022 seinen altersbedingten Rücktritt vom Amt des Apostolischen Vikars des südlichen Arabien an.[6]