Ab 1952 bewohnte er das im Besitz der Familie Thurn und Taxis befindliche ehemalige Kloster Prüfening. Sein Wunsch, dort wieder ein Benediktinerkloster zu etablieren und das Klosterleben wieder zu beleben, erfüllte sich nicht.[1][2] In den Räumlichkeiten wurde in den 1950er-Jahren das Liturgiewissenschaftliche Institut Regensburg-Prüfening gegründet.[3] In den letzten rund 30 Jahren seines Lebens lebte Pater Emmeram abgeschieden allein in dem Kloster. Einzelne Räume des großen Klosters stellte er einheimischen Jugendgruppen als Treffpunkt und armen Menschen als Wohnstatt zur Verfügung. Kunstinteressierte Besucher führte er selbst durch die Klosterkirche.
Anfang der 1970er Jahre wurde Pater Emmeram von dem Enthüllungsjournalisten Günter Wallraff porträtiert, der sich gemeinsam mit dem Pädagogen Wolfgang Erdle bei Emmeram unter dem Vorwand einquartiert hatte, als Laienbrüder in einen geistlichen Orden eintreten zu wollen. Wallraffs Reportage, die 1973 in dem Buch Ihr da oben, wir da unten veröffentlicht wurde, zeichnet Emmeram konträr zur verbreiteten öffentlichen Wahrnehmung als notorisch geizigen Menschen, der sein Umfeld bedenkenlos ausnutzte und zu einem vorgeblich höheren Zweck materielle Güter ansammelte.[4] Im Jahr 1975 wurde die Reportage zusammen mit zwei weiteren Episoden aus dem Buch unter dem Titel Steckbrief eines Unerwünschten als Fernsehfilm für das Fernsehen der DDR verfilmt.
Der von Pater Emmeram gegründete Verein Kloster Prüfening e. V. hatte im Laufe der Jahre ein erhebliches Vermögen in Höhe von umgerechnet über 3,5 Millionen Euro zur Wiedererrichtung des Klosters angesammelt. Da dieses Unternehmen letztlich scheiterte und Pater Emmeram kein Testament hinterlassen hatte, beschloss der Freistaat Bayern, diese Spendengelder auf verschiedene Stiftungen und kirchliche Einrichtungen zu verteilen, darunter die REWAG-Kulturstiftung.[5] Auch der Bau der neuen Klosterbibliothek des Klosters Metten wurde teilweise aus dem Nachlass finanziert.[2]
Christian Feldmann: Emmerams Nachlaß. Nach dem Tod des adligen Mönchs Zwist um seine Abtei. In: Die Zeit. Nr.50, 1994 (zeit.de).
Fabian Fiederer: "... an allen alten Traditionen festhalten". Lebenswelt und Selbstverständnis des Hochadels am Beispiel des Fürstenhauses Thurn und Taxis in der Zeit Fürst Albert I. (1888–1952). In: Thurn und Taxis Studien – Neue Folge Nr. 5, Verlag: Pustet, F / Pustet, Friedrich GmbH, 2017, ISBN 978-3-7917-2795-0.
