Der Club begann 2009 in der dritten Liga, der Division 2 Central & East und wurde nach Ablauf der Saison zehnter. Die Saison 2010 sollte Prachuap in der Division 2 South antreten. Aus finanziellen Bedenken, sowie Sicherheitsbedenken, trat man 2010 nicht an. Nach offizieller Gründung spielte man von 2011 bis 2013 in der Division 2 Central & East. 2014 musste der Verein dann doch in der Division 2 South antreten. Hier wurde Prachuap FC schließlich Meister. In der Champions-Runde der Drittligisten besiegten sie im Endspiel Thai Honda FC und stiegen in die zweite Liga Thailands, der Division 1, auf. 2015 und 2016 belegte man in der Division 1 einen einstelligen Tabellenplatz. Mit einem dritten Platz 2017 stieg man schließlich in die Thai League, der höchsten Liga Thailands, auf. 2017 wurde der Verein von Prachuap FC in PT Prachuap FC umbenannt. PT steht für den Hauptsponsor PTG Energy.
Stadion
PT Prachuap FC trägt seine Heimspiele im Sam-Ao-Stadium in Prachuap aus. Vor der Umbenennung hieß das Stadion Prachuap-Khiri-Khan-Province-Stadium und wird von dem Eigentümer Prachuap Khiri Khan Provincial Administration Organization verwaltet. Bei dem Stadion handelt es sich um ein Mehrzweckstadion und hat ein Fassungsvermögen von 5.000 Personen. Das Stadion ist nach der berühmten Meereslandschaft (Prachuap Bay, Manao Bay, Noii Bay) benannt. Diese drei Buchten nennt man in ThailandSam Ao.