Nattapon Malapun erlernte das Fußballspielen in der Jugendmannschaft vom ErstligistenPolice United in Bangkok. Hier unterschrieb er 2014 auch seinen ersten Vertrag. In seiner ersten Saison stieg er mit Police in die Zweite Liga ab. 2015 erfolgte der sofortige Wiederaufstieg in die Erste Liga. Nach dem Aufstieg verließ er Police und ging 2016 nach Buriram zu Buriram United. Für Buriram spielte er bis Mitte 2016 zwölfmal in der ersten Liga. Im Juli 2016 wechselte er auf Leihbasis nach Chonburi zum Ligakonkurrenten Chonburi FC. Für den Klub aus Chonburi kam er bis Ende 2018 auf 47 Einsätze in der Ersten Liga. 2019 ging er ebenfalls auf Leihbasis zum Ligakonkurrenten PT Prachuap FC nach Prachuap. Die Saison 2020 lieh ihn Samut Prakan City FC aus Samut Prakan aus. Hier kam er 2020 nicht zum Einsatz. Ende November 2020 kehrter er zu Buriram zurück. Ende Dezember 2020 wechselte er ebenfalls auf Leihbasis zum Ligakonkurrenten Suphanburi FC. Am Ende der Saison 2021/22 belegte er mit dem Verein aus Suphanburi den 16. Tabellenplatz und musste somit in die zweite Liga absteigen. Nach Vertragsende in Buriram wechselte er im Juni 2022 ablösefrei zum Erstligisten PT Prachuap FC.[1]