1913 kehrte Schärrer in seine Heimatstadt Schaffhausen zurück, wo er 1914 als Kanzleisekretär und von 1915 bis 1928 als Staatsschreiber des Kantons Schaffhausen amtierte. Von 1918 bis 1928 war er ausserdem Ratsschreiber (Sekretär des Grossen Rates). 1928 wurde er zum Regierungsrat gewählt und übte dieses Amt bis zu seinem Tod aus.[1] Zuständig war er anfangs für die Polizeidirektion, später für das Erziehungs-, Militär- und Gewerbewesen. 1933 und 1937 war er Regierungsratspräsident.[2] Er starb im August 1938 und wurde auf dem Waldfriedhof in Schaffhausen beigesetzt.