In seiner Jugend engagierte sich Mauer im Bund Neuland, 1931 wurde er zum Priester geweiht. Während der NS-Zeit wurde Otto Mauer mehrmals verhaftet und mit Predigtverbot belegt. Von KardinalInnitzer und Prälat Karl Rudolf wurde er geschützt. Seit 1946 war Otto Mauer Geistlicher Assistent der Katholischen Aktion. 1954 wurde er Domprediger in St. Stephan, und er gründete in der Grünangergasse die berühmte Galerie nächst St. Stephan. Bald nach ihrer Gründung wurde die Galerie nächst St. Stephan zum Zentrum des österreichischen Informel (Maria Lassnig, Oswald Oberhuber).
1965 gründet Kardinal König den Stiftungsfonds Pro Oriente, Otto Mauer war Vorstandsmitglied.
Seit 1981 wird jährlich der Otto-Mauer-Preis an junge Künstler vergeben. Er gilt als eine der bedeutendsten Auszeichnungen für bildende Kunst in Österreich. Das Preisgeld kommt aus dem Otto-Mauer-Fonds, der 1980 als Stiftung der Erzdiözese Wien eingerichtet wurde.
Arnulf Rainer urteilte über Mauer: „Der Otto Mauer war sicher ein Kämpfer für die Kirche und die zeitgenössische Kunst. Er ist eigentlich sehr stark auf Ablehnung in der Kirche gestoßen, man hat ihn zwar nicht bekämpft, aber nur geduldet. … Otto Mauer hat Einfluss gehabt, und er war überzeugend.“[1]
Bernhard A. Böhler: Monsignore Otto Mauer. Ein Leben für Kirche und Kunst. Triton Verlag, Wien 2003, ISBN 3-85486-175-3.
Das geschundene Reich Gottes: theologische Reden. Herausgegeben und kommentiert von Werner Reiss, Hora-Verlag, Wien 1993, ISBN 3-213-00018-3.
Erschreckend – Wahr. Begegnungen von Hans Fronius und Otto Mauer. Herausgegeben von Bernhard A. Böhler und Christin Fronius unter Mitarbeit von Ferdinand Reisinger. Bibliothek der Provinz, Weitra 2001, ISBN 3-85252-394-X.
↑Verhüllter Ringturm wurde eingeweiht. Arnulf Rainer über den "Schleier der Agnes", Kunst, Kirche und seine Ideen für die Essl-Sammlung. In: kurier.at. 16. Juni 2014, abgerufen am 7. März 2023.