Otto Müller war der Sohn des Verlagsbuchhändlers Georg Wilhelm Ferdinand Müller (1805–1875). Er besuchte das Friedrichswerdersche Gymnasium und später das Friedrich-Real-Gymnasium in Berlin und schlug ab 1855 eine buchhändlerische Laufbahn ein. Im Jahr 1863 übernahm er zunächst den naturwissenschaftlichen Anteil des väterlichen Verlages und schließlich 1873 den gesamten Verlag. Im Jahr 1901 verkaufte Otto Müller den Verlag an Velhagen & Klasing in Bielefeld.
Otto Müller arbeitete sich als Autodidakt intensiv in das Forschungsgebiet der Kieselalgen ein. Er veröffentlichte 41 Arbeiten über Diatomeen (Bacillariophyta) und beschrieb dabei etwa 200 neue Taxa, darunter die Gattungen GomphocymbellaO.Müller 1905 und RhopalodiaO.Müller 1895. Für die von Carl Adolph Agardh beschriebene Gattung Melosira konnte er dabei aufzeigen, dass die größere Tochterzelle bei der Zellteilung begünstigt ist, während die kleinere einen Zyklus überspringt und damit die Zellgrößenabnahme verzögert wird. Bei der Frage der Fortbewegung der Diatomeen kam er zu einer mechanischen Erklärung, die allgemeine Akzeptanz fand.
Am 18. Februar 1894 wurde Georg Ferdinand Otto Müller zum Mitglied (Matrikel-Nr. 3034) der Leopoldina gewählt.[1] Im Jahr 1897 wurde er zum Ehrendoktor der philosophischen Fakultät der Friedrich-Wilhelms-Universität zu Berlin ernannt. 1907 wurde Otto Müller vom Minister der geistlichen, Unterrichts- und Medizinal-Angelegenheiten der Titel Professor verliehen.
Theodor Butterfaß: Liebhaberbotaniker deutscher Sprache. In: Berichte der Bayerischen Botanischen Gesellschaft, 58, 1987, S. 23–43 (Digitalisat)
Regine Jahn: Otto Müller’s names of diatoms (Bacillariophyceae) and extant original material at the Botanical Museum Berlin-Dahlem (B). In: Willdenowia, 32, 2002, S. 155–173 – ISSN 0511-9618 (PDF)
George Karsten: Otto Müller. In: Berichte der Deutschen Botanischen Gesellschaft, 35, II. Generalversammlungs-Heft, 10. Oktober 1918, S. (83)–(92) (Digitalisat)
↑Carl Hermann Knoblauch (Hrsg.): Leopoldina. Amtliches Organ der Kaiserlichen Leopoldino-Carolinischen Deutschen Akademie der Naturforscher. 30. Heft. In Commission bei Wilh. Engelmann in Leipzig, Halle 1894, S.21 (biodiversitylibrary.org).