Jaekels Hauptarbeitsgebiet waren die fossilen Vertebrata. 27 seiner Publikationen behandelten die Echinodermata. Jaekelopterus, eine Gattung der Seeskorpione, wurde nach ihm benannt. Die Paläontologische Gesellschaft wurde 1912 auf seine Initiative gegründet, er war ihr erster Präsident und wurde 1928 ihr Otto Jaekel. In den Sammlungen der Universität Greifswald haben sich einige Zeichnungen und Gemälde Jaekels zu Natur- und Landschaftsmotiven erhalten.[5] Im Reserve-Infanterie-Regiment Nr. 210 war er Hauptmann. Der Sohn Fritz Jaekel (1902–1981) war Kammergerichtsrat und wissenschaftlicher Hilfsarbeiter im Reichsjustizministerium, zuletzt Rechtsanwalt in Hamburg-Blankenese.[6]
Ueber einen Ceratiten aus dem Schaumkalk von Rüdersdorf und über gewisse als Haftring gedeutete Eindrücke bei Cephalopoden. In: Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie, Jahrgang 1889, II. Band, Stuttgart 1889, 19–31, Tafel I.
Die Selachier aus dem oberen Muschelkalk Lothringens. Abhandlungen zur Geologischen Specialkarte von Elsass-Lothringen, Band 3, Heft 4, Strassburg 1889, 273–332.
Herr Otto Jaekel sprach über Hybodus AG.. Sitzungsberichte der Gesellschaft Naturforschender Freunde zu Berlin, Berlin 1898, S. 135–143.
Stammesgeschichte der Pelmatozoen. Erster Band: Thecoidea und Cystoidea. Julius Springer, Berlin 1899.
Ueber einen neuen Chitoniden, Trachypleura, n. g., aus dem Muschelkalk von Rüdersdorf. Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft, 52, C. Verhandlungen, Berlin 1900, 9–16.
Ueber Placochelys n. g. und ihre Bedeutung für die Stammesgeschichte der Schildkröten. In: Neues Jahrbuch für Mineralogie, Geologie und Paläontologie, Jahrgang 1902, I. Band, Stuttgart 1902, 127–144, Tafel II.
Ueber verschiedene Wege phylogenetischer Entwickelung. Gustav Fischer, Jena 1902.
Über ein neues Reptil aus dem Buntsandstein der Eifel. Zeitschrift der Deutschen Geologischen Gesellschaft 56 (1904), S. 90–94.
K. A. v. Zittel. Der Altmeister der Paläontologie. Gustav Fischer, Jena 1904
Über den Schädelbau der Nothosauriden. Sitzungsberichte der Gesellschaft Naturforschender Freunde zu Berlin, Berlin 1905, S. 60–84.
Placochelys placodonta aus der Obertrias des Bakony. Budapest 1907 (Archive)
Über das System der Reptilien. Zoologischer Anzeiger 35 (1910), S. 324–341.
Die Wirbeltiere: eine Übersicht über die fossilen und lebenden Formen. Berlin: G. Borntraeger, 1911.
Die natürlichen Grundlagen staatlicher Organisation. Berlin Brüssel 1916.
Lothar Kämpfe: Otto Jaekel (1863–1929). In: Dirk Alvermann, Nils Jörn (Hrsg.): Biographisches Lexikon für Pommern, Bd. 2 (= Veröffentlichungen der Historischen Kommission für Pommern. Reihe V, Band 48,2). Böhlau Verlag, Köln Weimar Wien 2015, ISBN 978-3-412-22541-4, S. 131–137.
Raymond Cecil Moore: Part T, Echinodermata 2, Crinoidea. Dedication, in: R.C. Moore & C. Teichert: Treatise on Invertebrate Paleontology, Bd. 1, T5-6. Boulder/Colorado.