Nach dem Besuch des Egbert-Gymnasiums Münsterschwarzach beendete Otto Hünnerkopf das Gymnasium mit dem Abitur am Armin-Knab-Gymnasium in Kitzingen. 1972 bis 1976 folgte ein Studium der Landespflege an der TU München – Außenstelle Weihenstephan; dieses beendete er mit dem Abschluss Dipl.-Ing. für Landespflege im Schwerpunkt Landschaftsökologie.
Seit 1972 ist Hünnerkopf Mitglied der CSU. Seit 1990 vertritt er die CSU im Marktgemeinderat von Wiesentheid und fungierte dort zeitweise als dritter Bürgermeister. Seit 2002 ist er für die CSU auch gewähltes Mitglied im Kreistag von Kitzingen. 2003 wurde er zum Kreisvorsitzenden seiner Partei in Kitzingen gewählt.
Otto Hünnerkopf vertrat von der Landtagswahl 2003 bis 2018 den Stimmkreis Kitzingen (Wahlkreis Unterfranken) im Bayerischen Landtag. 2003 wurde er mit 54,3 % direkt in das Landesparlament gewählt, 2008 waren es 44,7 % und 2013 50,3 %. Hünnerkopf war Mitglied im Ausschuss für Umwelt und Verbraucherschutz des Bayerischen Landtags. 2018 trat er nicht mehr zur Wahl an. Seine Nachfolgerin als Direktkandidatin ist Barbara Becker.
