Das Museum wurde 1904 als Museum für Dithmarscher Vorgeschichte in Heide gegründet.
2003 wurde das Museum in das Gebäude des ehemaligen Bahnhofshotels der Gemeinde Albersdorf verlegt. Im Jahre 2005 wurde das Museum unter dem Namen Museum für Archäologie und Ökologie Dithmarschen neu eröffnet. In der Dauerausstellung werden die Entwicklung der Menschheit in Korrelation mit der Landschaft seit der Steinzeit thematisiert. Neben dieser Dauerausstellung gibt es immer wieder aktuelle Ausstellungen zum Themenbereich Archäologie und Ökologie, wie zum Beispiel: „Der Riesewohld - Dithmarschens KultUrwald“[1] bereits in der zweiten Folge.