Die Mountain West Conference wurde 1999 von acht Hochschulen gegründet, die zuvor die Western Athletic Conference (WAC) verlassen hatten. Die Zahl der Hochschulen in der WAC war drei Jahre vorher durch die Aufnahme von ehemaligen Mitgliedern der im Mai 1996 aufgelösten Southwest Conference (SWC) auf 16 gestiegen, was zur Organisation der WAC in Form von zwei Divisionen geführt hatte. Mit diesem Zustand waren jedoch einige der beteiligten Hochschulen aus sportlichen und finanziellen Gründen unzufrieden, so dass sie aus der WAC ausschieden und die MWC gründeten.
Im Jahr 2005 wurde zusätzlich zu den acht Gründungsmitgliedern die Texas Christian University aufgenommen, die vorher Mitglied der Conference USA gewesen war. Die Boise State University wechselte mit Beginn der Spielzeit 2011/2012 von der WAC zur Mountain West Conference, nachdem sie im Juni 2010 ein entsprechendes Angebot erhalten hatte. Demgegenüber verließ die University of Utah die MWC trat beginnend mit der Saison 2011/2012 der Pacific-12 Conference bei. Im August 2010 gaben die California State University, Fresno und die University of Nevada, Reno bekannt, von der WAC zur Mountain West Conference zu wechseln. Die Brigham Young University erklärte im gleichen Monat, mit Beginn der Saison 2011 aus der MWC auszuscheiden und in Zukunft die Football-Mannschaft als Independent ohne Konferenzbindung starten zu lassen, während die anderen Mannschaften der Universität der West Coast Conference beitreten werden.
Mitglieder
Der Mountain West Conference gehören gegenwärtig elf Hochschulen als Vollmitglieder sowie eine weitere Hochschule als reines Football-Mitglied an:
Die Mountain West Conference betreibt seit dem 1. September 2006 unter dem Namen MountainWest Sports Network (Kürzel „mtn.“) ein eigenes 24-Stunden-Fernsehprogramm zur Berichterstattung über Spiele und Wettkämpfe in den MWC-Ligen. Verhandlungen zur Verlängerung bestehender Verträgen mit dem Sender ESPN waren zuvor aufgrund der von ESPN angebotenen Konditionen gescheitert. Die Hälfte der Anteile am MountainWest Sports Network sind im Besitz der Kabelnetzsparte des US-amerikanischen Telekommunikationskonzerns Comcast.
Das ehemalige Footballstadion von Hawaii, das Aloha Stadium, wurde 2020 geschlossen. Es soll 2024 durch ein neues Stadion mit 30.000 Sitzplätzen am selben Standort ersetzt werden.