Morlincourt liegt im Pays Noyonnais etwa 32 Kilometer nordöstlich von Compiègne an der Oise und am Canal latéral à l’Oise. Umgeben wird Morlincourt von den Nachbargemeinden Salency im Norden und Nordosten, Varesnes im Osten und Südosten, Pontoise-lès-Noyon im Süden sowie Noyon im Süden und Westen.