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Gegründet wurde die Gruppe von Morning Musumes Mari Yaguchi mit der Idee, nur Mitglieder zuzulassen, die unter 1,50 Metern groß waren. Zunächst trat Yaguchi mit Nozomi Tsuji und Ai Kago nur bei Konzerten von Morning Musume als Zwischenunterhaltung auf. Kurze Zeit später bat sie den Produzenten Tsunku darum, Minimoni debütieren zu lassen. Coconuts Musumes Mika Todd trat der Gruppe als viertes Mitglied bei und Tsunku begann, Minimoni als richtigen Act zu produzieren.[1]
Die Gruppe richtete sich vor allem an Kinder im Vor- und Grundschulalter. Aufgrund dessen haben ihre Lieder einen Bezug zu kindlichen Themen und Spielen. Ihre erste Single, „Minimoni Jankenpyon!“ hatte zum Beispiel das Thema „Schere, Stein, Papier“ (im Japanischen „Janken“). Darüber hinaus haben viele ihrer Lieder einen pädagogischen Wert: So wird zum Beispiel das Zählen beigebracht oder Eselsbrücken zu den Hauptstädten der Präfekturen Japans geschaffen. Mehrmals kooperierten sie mit dem AnimeHamtaro: Unter dem Pseudonym Minihamus liehen die Mitglieder einigen Charakteren ihre Stimmen und steuerten Lieder zum Soundtrack bei. In dieser Zeit wuchs Minimonis Bekanntheit, auch aufgrund von Fernsehauftritten der Band. Das Internetphänomen „Dramatic Chipmunk“ hat seinen Ursprung in einem Sketch der Gruppe.
2003 verließ Mari Yaguchi die Gruppe, Ai Takahashi (ebenfalls aus Morning Musume) stieß dazu und Mika Todd wurde die Bandleaderin. Der Stil der Band wandelte sich zu R&B. Ein Jahr ging auch Mika Todd, um in Los Angeles Musik zu studieren. Mit Todds Weggang wurde die Gruppe aufgelöst.
Im Jahr 2009 wurde die Gruppe kurzzeitig unter dem Namen Shin Minimoni (新ミニモニ。; „Neues Minimoni“) wiederbelebt.[2] Leiterin wurde Morning Musumes Linlin, zudem traten S/mileages Kanon Fukuda und die beiden Hello! Pro Egg-Mitglieder Akari Takeuchi und Karin Miyamoto bei. Die Gruppe nahm zwei Lieder auf und wurde 2011 inaktiv.
2017 gab es ein kleines Wiedersehenstreffen bei den Feierlichkeiten zum 20. Jahrestag von Morning Musume. Yaguchi und Tsuji traten zusammen mit den beiden kleinsten Mitgliedern der damaligen Formation Morning Musumes, Ayumi Ishida und Reina Yokoyama, auf.[3] Anzumerken ist, dass nur die beiden Gründungsmitglieder als Minimoni auftraten, obwohl Takahashi ebenfalls anwesend war.
