Wann die erste Kapelle in Harbarnsen gebaut wurde, ist unbekannt. 1568 wird Harbarnsen zusammen mit Irmenseul als Tochtergemeinde von Woltershausen genannt. Da die Kapelle im Dreißigjährigen Krieg verfallen war, ließen Anna von Stolberg und ihr Ehemann Heinrich Burgtorff, Amtmann von Wiedelah, 1648 eine neue Kirche bauen. Sie gehörte als Hofkirche zum Gut, aber auch die übrigen Dorfbewohner besuchten die Gottesdienste. Erst 1768 ließ Ernst Georg von Steinberg in Harbarnsen eine neue Kirche errichten. Im Jahre 1821 ist diese Kirche durch Vereinbarung zwischen dem Herrn Oberschenk Ernst August von Steinberg und der Gemeinde Harbarnsen zur gemeinschaftlichen Kirche für die ganze Gemeinde eingerichtet worden.