Seine Eltern waren Ruth Meyer und der Film- und Fernsehregisseur Otto Meyer (Alle meine Tiere).
Sein Bruder Martin Meyer arbeitet als Kameramann.
Nach dem Abitur an der Droste-Hülshoff-Schule in Berlin-Zehlendorf absolvierte er 1967 ein Cutter-Praktikum bei der Arbeitsgemeinschaft zur Nachwuchsförderung für Film und Fernsehen im Berliner-Union-Film-Kopierwerk und der Schnitt-Abteilung des SFB.
Von 1968 bis 1979 war er als Regieassistent beim Theater, Film und Fernsehen tätig. Von 1974 bis 1980 arbeitete Meyer eng mit dem Regisseur Wolfgang Staudte zusammen. In dieser Zeit entstanden unter anderem drei Filme der ARD-Krimi-Reihe Tatort, die Familien-Serie MS Franziska und die historische Serie Der eiserne Gustav. Danach war er bei der Entstehung des Spielfilms Zwischengleis tätig. Außerdem war er an der deutschen Synchronisation des Stanley Kubrick-Thrillers Shining beteiligt.
1985 wurde Michael Meyer durch den Schauspieler Günter Strack als Regisseur für die ZDF-Serie Diese Drombuschs vorgeschlagen. Unter seiner Verantwortung erreichten Diese Drombuschs Einschaltquoten von über 20 Millionen Zuschauern und fast 65 % Sehbeteiligung pro Sendung. Mit ihm als Regisseur entstanden die Staffeln 3 und 4, das heißt 15 Episoden (9 Folgen zu je 60 Minuten und 6 Folgen zu je 90 Minuten). Nach über drei Jahren fast ausschließlicher Beschäftigung mit den Drombuschs entschied er sich nach der 4. Staffel am 1. August 1989 seine Regie-Arbeit an der Serie zu beenden.
Bei den sich 1990 anschließenden Dreharbeiten zu der ARD-Serie Moselbrück lernte Michael Meyer seine zukünftige Ehefrau, die Schauspielerin Iris Werlin, kennen, deren Namen er mit der Hochzeit annahm. Aus der Ehe ging 1992 die gemeinsame Tochter Gina hervor. Das Paar trennte sich Anfang der 2000er Jahre, blieb aber verheiratet.[1]