Es folgten zwei Jahre an der Universität Mainz als Literaturwissenschaftler. Im Jahr 2000 wechselte er ans Mozarteum Salzburg, wo er als Professor für Schauspiel und Dramaturgie Leiter der Schauspiel- und Regieausbildung wurde.
Von 2007 bis 2014 war er Schauspieldirektor und stellvertretender Intendant am Theater Augsburg. Während einer Krankheit der Intendantin Juliane Votteler vertrat er diese als Intendant.[2]
Seit der Spielzeit 2016/17 ist Trabusch Intendant des Mainfranken Theaters Würzburg.[3] Bis 2021 war er gleichzeitig Schauspieldirektor. Die Funktion gab er zur Spielzeit 2021/2022 an Barbara Bily ab, mit der er bereits in Augsburg zusammengearbeitet hatte.[4] Während seiner Leitung wurde 2019 zwischen der Stadt Würzburg und dem Bayerischen Staatsministerium für Wissenschaft und Kunst beschlossen, das Mainfranken Theater in ein Bayerisches Staatstheater zu erheben.[5] Trabusch übersieht außerdem alle derzeit (2024) das Theater intern betreffenden Neu- und Umbauten und Erneuerungsarbeiten des Mainfranken Theaters, die bis 2026 abgeschlossen sein sollen.[6]
Im April 2024 wurde in der Presse bekanntgegeben, dass Markus Trabusch seine Intendanz in Würzburg 2026 beenden wird.[7]
