Hutter präsidiert die Winterthurer Sektion des Hauseigentümerverbands, die Ortsgruppe Winterthur des Automobil-Clubs der Schweiz sowie die Vereine «Aktion liberaler Aufbruch» und FDP Schweiz International. Von 2009 bis 2012 war Hutter Vizepräsident der FDP.Die Liberalen. Er ist Vizepräsident des kantonalzürcherischen Gewerbeverbandes.
Markus Hutter ist Ökonom und Mitinhaber des Familienunternehmens «Hutter Auto Winterthur». Er ist verheiratet, hat zwei Kinder und wohnt in Winterthur. Hans Hutter, Spanienkämpfer im Thälmann-Bataillon, war sein Vater.[2]