Ein Schriftstück des Klosters von 1131 besagt: ecclesia hospitalis in honorem sanctae dei genitricis consecrata – „die Hospitalkirche zu Ehren der heiligen Gottesmuttergeweiht“. Diese dem Kloster inkorporierte Kranken- oder Pilgerkirche diente sehr früh auch als Kirche für die Klosterbedienten und die entstehende dörfliche Siedlung. Als Seelsorger fungierten anfangs Konventualen des Klosters, später Weltpriester. Als Pfarrei ist Ilsenburg erstmals 1480 dokumentiert. Mit der Einführung der Reformation in der Grafschaft Wernigerode wurden Kloster und Pfarrkirche in den 1530er Jahren lutherisch.
In den 1870er Jahren wurde die Kirche im neuromanischen Stil unter Verwendung von Teilen der alten Bausubstanz erneuert. Der Saalkirche wurde eine repräsentative Vorhalle angefügt. Der hohe Glockenturm entstand 1879. Die Entwürfe stammten von Carl Frühling (1839–1912).[1] Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde im Inneren das Mauerwerk freigelegt.
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