Sie heiratete am 18. Juli 1546 in Regensburg Herzog Wilhelm V. von Jülich-Kleve-Berg, genannt der Reiche (1516–1592). Die Eheschließung wurde sehr aufwändig unter Anwesenheit Kaiser Karls V., dem Onkel Marias, begangen und war eine der Vereinbarungen des Vertrags von Venlo, in dem Wilhelm nach dem Geldrischen Erbfolgekrieg das Herzogtum Geldern an das Haus Österreich abtreten musste und sich verpflichtete im katholischen Lager des Reiches zu bleiben. Kaiser Karl V. erteilte Wilhelm nach der Eheschließung mit seiner Nichte das Privileg, dass beim Aussterben der männlichen Linie seines Hauses auch seine Töchter für nachfolgefähig erachtet wurden.[1] Die Wilhelm aufgezwungene Konvenienzehe galt trotz allem als glücklich.[2]