Maria Amalia war klein gewachsen, selbstbewusst, lebenslustig, liebte die Jagd und ihre Hunde. Ihr Lehrer und Erzieher war der JesuitAnton Steyerer. 1717 lernte sie ihren zukünftigen Mann Karl Albrecht kennen, der auf seinem Weg zu einem Feldzug gegen die Türken in Belgrad auch Wien besuchte. So nutzte er die Zeit seines Aufenthalts, um politische Kontakte zu pflegen, und lernte die gesamte kaiserliche Familie kennen. Eine zweite „Feuertaufe“ Karl Albrechts gegen die Türken erfolgte 1718. Auf dem Rückweg von Belgrad erfolgte ein zweiter Besuch in Wien. Aus finanziellen und dynastischen Gründen strebte Bayern eine Vermählung mit einer Habsburgerin an. So bemühte sich Karl Albrecht um die im Gegensatz zu ihrer Schwester lebhaftere Marie Amalie, obwohl ihm die politisch interessantere, jedoch kränkliche Erstgeborene Maria Josepha bereits versprochen war.
Die Trauung fand am 5. Oktober 1722 in Wien statt. Sie und Karl Albrecht hatten zuvor auf jegliche Erbansprüche von Habsburger Seite aus verzichtet. Die Kaisertochter erhielt eine reiche Mitgift, u. a. Schmuck im Wert von 986 500 Gulden. Während die kirchlichen Feierlichkeiten einen Höhepunkt darstellten, waren die übrigen Festlichkeiten in Wien viel weniger prachtvoll als die Feste, mit denen man in München das Beilager der Jungvermählten feierte. Sie dauerten vom Einzug des Paares am 17. Oktober bis zum 4. November 1722 und verschlangen 4 Millionen Gulden. Johann Jakob Moser, ein Zeitgenosse beschrieb die Beziehung: „Mit dieser Gemahlin lebte der Herr gantz vergnügt. Denn sie wuste sich mit der Zeit in sein Naturell überaus wohl zu schicken, und hatte fast durchgehends eine seiner Neigung gleiche Gemüths-Art.“
Wie ihre Mutter musste sie gegen zahlreiche Mätressen ankämpfen, genoss aber das prunkvolle Leben an der Seite ihres Mannes, wo sie ihren Leidenschaften Jagd, Politik und Reisen nachgehen konnte. In der Hoffnung auf weitere männliche Geburten absolvierte sie Kuraufenthalte, u. a. in Bad Adelholzen und zahlreiche Wallfahrten. Wie ihre Mutter war sie sehr fromm und förderte Kirchen und Orden. Mit ihrer Schwägerin Maria Anna, die im Münchner Angerkloster als Klarissin lebte, verband sie eine besondere Freundschaft.
Trotz des Erbverzichts begründete ihr Mann aus seiner Ehe und ihren Vorfahren Ansprüche auf die österreichischen Erblande. Nach Einigung mit dem Kurfürsten von Sachsen, den über ihre ältere Schwester ein ähnliches Verwandtschaftsverhältnis mit dem Haus Habsburg verband, wurde Maria Amalie 1742 unter anderem zur Königin von Böhmen gekrönt. Der Fürstabt von KemptenAnselm Reichlin von Meldegg war als ihr Erzmarschall bei der Krönung anwesend.
1745 wurde sie Witwe und konnte den Thronfolger, ihren erst achtzehnjährigen Sohn Maximilian III. Joseph von der Notwendigkeit eines finanziellen Ausgleichs durch den Frieden von Füssen mit ihrer Cousine Maria Theresia überzeugen. Dies bedeutete für ihn den Verzicht auf die Kaiserkrone und war die Grundlage für eine der längsten Friedenszeiten in Bayern.
Danach lebte sie in der weiteren Zeit ihrer Witwenschaft zurückgezogen in Schloss Fürstenried.
Im Jahr 1754 stiftete sie ein Ordenshaus mit Spital der Elisabetinerinnen, die sich auf ihre Initiative hin in München niederließen. Diese erste moderne Krankenheilanstalt Münchens, die sich nicht mehr als Siechenhaus verstand, widmete sich der Krankenpflege und Ausbildung von Laienhelferinnen.
Britta Kägler:„... so lang diese Frau die hände in denen Regierungsgeschäften haben ...“ Maria Amalia von Österreich als machtbewusste Kaiserin(witwe) in München. In: Bettina Braun, Bettina, Katrin Keller, Matthias Schnettger (Hrsg.): Nur die Frau des Kaisers? Kaiserinnen in der Frühen Neuzeit (Veröffentlichungen des Instituts für Österreichische Geschichtsforschung, Bd. 64), Wien 2015, 193–209.
Karl Möckl: Maria Amalie, Kaiserin und Kurfürstin von Bayern. In: Brigitte Hamann (Hrsg.): Die Habsburger. Ein biographisches Lexikon. Ueberreuter, Wien 1988, ISBN 3-8000-3247-3, S. 292–294.
Andrea Rueth: Maria Amalia. In: Jürgen Wurst, Alexander Langheiter (Hrsg.): Monachia. Städtische Galerie im Lenbachhaus, München 2005, ISBN 3-88645-156-9, S. 146.