Hegger besuchte ein mathematisch-naturwissenschaftliches Gymnasium in Mönchengladbach. Nach dem Abitur und einem Baupraktikum studierte er ab 1967 Architektur an der Universität Stuttgart, Planungstheorie an der London School of Economics und Systemtechnik an der Technischen Universität Berlin. Nach dem Studium war er in einem Kasseler Planungsbüro tätig. Seit 1980 führte er gemeinsam mit seiner Frau Doris Hegger-Luhnen und Günter Schleiff das Büro HHS Planer + Architekten in Kassel. 1990 wurde aus diesem Büro heraus die Schwesterfirma EUROLABORS gegründet.
2001 erhielt er einen Ruf an die Technische Universität Darmstadt, wo er das Fachgebiet Entwerfen und Energieeffizientes Bauen aufbaute. 2007 und 2009 gewann er mit den Studierenden der Technischen Universität Darmstadt den Solar Decathlon. Er hatte zuvor Lehraufträge an den Universitäten Stuttgart, Hannover und Kassel und am Queens College in Belfast inne. 2014 wurde er emeritiert.
Hegger erhielt für seine Projekte vielfach nationale und internationale Anerkennungen. Er galt als Pionier des nachhaltigen und energieeffizienten Bauens. 2007 war er Mitbegründer der Deutschen Gesellschaft für Nachhaltiges Bauen (DGNB), von 2010 bis 2013 deren Präsident und seit 2016 Ehrenmitglied. 2015 konnte er mit seinem Aktivhaus das weltweit größte Plusenergiegebäude in Hamburg fertigstellen.
Manfred Hegger war verheiratet mit der Architektin Doris Hegger-Luhnen. Aus der Ehe ist ein Sohn hervorgegangen.
Lehre
Lehrauftrag an der Universität Stuttgart, 1973–1990
Lehrauftrag an der Gesamthochschule Kassel, 1977–1979
Lehrauftrag an der Universität Hannover, 1979–2001
Lehrauftrag am Center for Infrastructure Planning der Universität Stuttgart, 1984–2000
Honorarprofessur an der Universität Hannover, 1993–2001
Visiting Professor am Queens College Dublin, 1996
Gastprofessur an der Gesamthochschule Kassel, 2000
Professor an der Technischen Universität Darmstadt. Fachgebiet Entwerfen und Energieeffizientes Bauen, 2001–2014
