Von 1945 bis 1947 war er in der Provinzialverwaltung von Sachsen-Anhalt zuständig für Seuchenbekämpfung, 1947/48 Mitarbeiter des Landesgesundheitsamtes und von 1948 bis 1952 Minister für Arbeit und Gesundheit des Landes Sachsen-Anhalt.
1964 wurde Mecklinger Professor mit Lehrauftrag und Prorektor für Militärmedizin sowie stellvertretender Minister für Gesundheitswesen, 1969 Staatssekretär und erster stellvertretender Minister. 1971 wurde er Nachfolger von Max Sefrin als Gesundheitsminister. In seiner Amtszeit bis 1989 fiel die Neufassung des DDR-Rechts zum Schwangerschaftsabbruch mit der Verabschiedung des Gesetzes über die Unterbrechung der Schwangerschaft im März 1972. Zudem wurde eine Zusammenarbeit mit westdeutschen Pharmafirmen vereinbart, bei der an DDR-Patienten Wirkstoffe getestet wurden.[1]
Von 1981 bis 1990 war er Abgeordneter der Volkskammer und von 1986 bis 1989 Mitglied des Zentralkomitees der SED.