In den Jahren 1528 bis 1529 erfolgte die Säkularisation und die Umwandlung in eine Landvogtei unter dem heute noch geläufigen Namen St. Johannsen. Das Langhaus der Klosterkirche wurde abgebrochen, der Chor und das Querhaus wurden als Kornmagazin verwendet. Ab 1834 beherbergten die Gebäude des Klosters eine Fabrik, ab 1837 zusätzlich eine Ziegelei, bis sie 1883 durch den Kanton Bern zurückgekauft und in eine Strafanstalt umgewandelt wurden. Seit 1978 ist diese ein konkordatlichesMassnahmenzentrum für männliche Erwachsene.