Nach einem abgebrochenen Ingenieurstudium arbeitete er als selbstständiger Webdesigner und begann 1997 TYPO3 für seine Kunden zu entwickeln. Die Entscheidung TYPO3 als Open-Source-Software zu veröffentlichen, begründet Skårhøj neben wirtschaftlichen Gründen vor allem mit seinem christlichen Glauben.[1] Im Jahr 2007 gab er den Sitz des Chefentwicklers von TYPO3 an Michael Stucki ab, um sich neuen Herausforderungen zu widmen und seiner Rolle als Vater gerecht zu werden.[2]
Skårhøj ist verheiratet und Vater zweier Töchter. Er lebt in Kopenhagen.[3]