Juan Gómez de Mora war Sohn des HofmalersJuan Gómez und Neffe des Architekten Francisco de Mora (um 1553–1610). Nach dem Tod seines Onkels wurde er im Alter von nur 24 Jahren vom spanischen König Philipp III. (reg. 1598–1621) zum leitenden Architekten (Maestro mayor de obras) am Bau des im Jahr 1734 durch einen Brand zerstörten Alcázar von Madrid ernannt. Auch unter dessen Nachfolger Philipp IV. (reg. 1621–1665) erhielt er wichtige Planungs- und Bauaufträge.