Joseph MacRory, eines der zehn Kinder des Landwirts Francis MacRory und seiner Frau Rose Montague, studierte am St. Patrick’s College in Armagh und am St. Patrick’s College in Maynooth. Am 13. September 1885 empfing er das Sakrament der Priesterweihe. Von 1886 bis 1887 leitete er als Präsident die Akademie Dungannon. Danach lehrte MacRory Exegese und Theologie am Oscott College in Birmingham bis zur Ernennung zum Professor für Exegese und Orientalische Sprachen an seiner Alma Mater, dem Maynooth College 1889, an dem er 1912 Vizepräsident wurde. 1906 gründete MacRory mit anderen die Irish Theological Quarterly.
Nach einer kurzen Krankheit starb der Kardinal im Alter von 84 Jahren am 13. Oktober 1945 nach einem Herzinfarkt in Ara Coeli, der erzbischöflichen Residenz in Armagh. Er ist auf dem St. Patrick’s Cathedral Friedhof in derselben Stadt begraben.