Als Bischof verhielt sich Machens zunächst vorsichtig gegenüber der Staatsmacht. Im Zweiten Weltkrieg ging er zunächst von einem gerechten Krieg und vom Endsieg aus. In einem Hirtenwort vom 3. September 1939 schrieb er dazu: „Erfüllt eure Pflicht gegen Führer, Volk und Vaterland! Erfüllt sie im Felde und daheim!“[3] Später betrachtete er die Kriegseinwirkungen als persönliche Strafe für seinen Vaterlandssinn und als „Kollektivbuße“ der Deutschen für den Nationalsozialismus. Nachdem Papst Pius XI. 1937 die Enzyklika Mit brennender Sorge herausgegeben hatte, änderte er seine Politik grundlegend. Er entwickelte sich zu einem Gegner der nationalsozialistischen Weltanschauung, der die Staatsmacht wegen Menschenrechtsverletzungen scharf kritisierte. Vor allem das Recht auf Leben forderte er für grundsätzlich alle Menschen. Dies hatte zur Folge, dass er von der Gestapo überwacht und 1941 zum Verhör einbestellt wurde. Durch Pöbeleien gegenüber Machens und seinen Begleitern versuchten Angehörige der SA und der SS sowie Mitglieder der NSDAP bei kirchlichen Veranstaltungen in Hildesheim und Umgebung, gezielt zu eskalieren. Der Gauführer drohte Machens zuletzt offen auf dem Hildesheimer Marktplatz, was diesen aber nicht davon abhielt, sich weiterhin für Juden, „Zigeuner“, Menschen mit Behinderungen und Angehörige anderer verfolgter Gruppen einzusetzen. Die jüdische Gemeinde nannte ihn 1956 einen „Freund und großen katholischen Bischof“.
Bischof Machens wurde im südlichen Querhausarm des Hildesheimer Doms nahe der Bernwardssäule bestattet. Im Zuge der Umgestaltung des Doms wurden seine sterblichen Überreste am 14. November 2012 in die neu geschaffene Bischofsgruft umgebettet.[4]
Renate Kumm: Das Bistum Hildesheim in der Nachkriegszeit. Untersuchung einer Diaspora-Diözese vom Ende des Zweiten Weltkriegs bis zum Zweiten Vatikanischen Konzil (1945 bis 1965). Verlag Hahnsche Buchhandlung, Hannover 2002, S. 23–25.
Thomas Flammer: „Wir wollen nur eines, die Seelen retten“. Joseph Godehard Machens 1886–1956 – Bischof des Diasporabistums Hildesheim (1934–1956) im Nationalsozialismus. In: Maria Anna Zumholz und Michael Hirschfeld (Hrsg.): Zwischen Seelsorge und Politik. Katholische Bischöfe in der NS-Zeit. Zweite Auflage, Aschendorff, Münster 2022 (Schriften des Instituts für Regionalgeschichte und Katholizismusforschung; 2), ISBN 978-3-402-24882-9, S. 381–410.
Gabriele Vogt: Streiter für Gott. Das bewegte Leben des Hildesheimer Bischofs Joseph Godehard Machens (1886–1956) (Veröffentlichungen des Hildesheimer Heimat- und Geschichtsvereins e. V., Band 6.). Verlag Gerstenberg, Hildesheim 2018, ISBN 978-3-8067-8814-3.
