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Im November 1886 wurde er Außenminister und im Dezember 1886 trat er von diesem Amt zurück, da er Meinungsverschiedenheiten
mit dem geschäftsführenden Präsidenten Apolinar de Jesús Soto Quesada dem Vater von Amtsinhaber Bernardo Soto Alfaro hatte.
1887 wurde er zum Präsidenten des Kassationsgerichtshofs gewählt und trat das Amt 1888 an.
Diese neugeschaffene Position war mit dem Vorsitz beim obersten Gerichtshof verbunden.
Die Partido Constitucional, eine konservative Partei, stellte ihn als Kandidaten für die Wahlen 1889–1890 auf und der erste Wahlgang fand am 3. November 1889 statt. Am 7. November 1889 waren die Stimmen ausgezählt. Am selben Tag übergab Ramón Bernardo Soto Alfaro die Präsidentschaft an seinen dritten Stellvertreter Carlos Durán CartÃn.
Am ersten Sonntag im Dezember 1889 fand der zweite Wahlgang statt. JoaquÃn RodrÃguez hatte mehr Stimmen erhalten, als sein Wettbewerber von der Staatspartei, der Partido Liberal Progresista, Ascensión Esquivel Ibarra.
Präsidentschaft
1892 löste er das Parlament auf und erklärte den Ausnahmezustand, regierte als Diktator und übergab zum Ende seines Mandates das Präsidentenamt an seinen Schwiegersohn Rafael Yglesias Castro.
In seiner Amtszeit wurde der Bau des Teatro Nacional begonnen.
Von 1894 bis 1898, während der ersten Amtszeit seines Schwiegersohnes, war er dessen Stellvertreter, von 1898 bis 1902 wieder Präsident des Kassationsgerichtshofs.[2]