Johannes Biernatzki war ein Sohn des Pastors und Schriftstellers Karl Biernatzki und seiner Frau Charlotte, geb. From. Er besuchte das Christianeum in Hamburg und studierte ab 1869 Evangelische Theologie an den Universitäten Erlangen, Kiel und Leipzig. Er wurde Mitglied des Erlanger, Leipziger und Kieler Wingolf.[1] Im Herbst 1874 bestand er das Theologische Amtsexamen. Im Dezember 1874 wurde er ordiniert. Seine erste Stelle war die eines Adjunkten in Probsteierhagen; es folgten Olderup und Haddeby. Seine erste eigene Pfarrstelle erhielt er im November 1878 in Bargum.
Im Frühjahr 1910 ließ er sich emeritieren und widmete sich ganz seinen Studien. Er zog nach Stellingen und lebte zuletzt in Hamburg-Barmbek. 1917 hielt er im Altonaer MuseumHochschulkurse über Weltanschauungsfragen.
Biernatzki betrieb intensive kunsthistorische Studien. Er erarbeitete für Richard Haupt das Künstlerverzeichnis für die Kunstdenkmäler der Provinz Schleswig-Holstein. Die Arbeit daran führte auch zu etlichen Studien zu einzelnen Künstlern.
Biernatzkis Aufsätze erschienen in den Mitteilungen des Vereins für Hamburgische Geschichte, der Zeitschrift der Gesellschaft für Schleswig-Holsteinische Geschichte sowie im Schleswig-holsteinischen Kunstkalender.
1924 zeichnete ihn die Philosophische Fakultät der Universität Kiel zu seinem 65. Geburtstag mit der Ehrendoktor-Würde aus. Aus dem Plan, Biernatzki mit einer Festschrift zu ehren, entstand 1923 die Zeitschrift Nordelbingen. Ihre erste Ausgabe wurde Johannes Biernatzki als Ehrengabe dargebracht.
Er war verheiratet mit Meta, geb. Bahnsen (1845–1930), der Tochter des Haddebyer Pastors Peter Bahnsen (1802–1886) und seiner Frau Caroline, geb. Johannsen. Von den drei Kindern des Paares erreichte nur der Sohn Reinhart (1884–1948) das Erwachsenenalter. Er wurde Studienrat in Hamburg und gründete 1919 den Volksbund für Kantische Weltanschauung.
Hamburger Bildhauer im Altonaer Trauregister 1702–1708. In: Mitteilungen des Vereins für Hamburgische Geschichte, Bd. 10 (1887), Heft 5 (Mai), S. 68–70.
Ein Gutachten des Hamburger Tischleramts 1633. In: Mitteilungen des Vereins für Hamburgische Geschichte, Bd. 10 (1887), Heft 5 (Mai), S. 70–72.
Ein Glockengießerbrief 1596. In: Mitteilungen des Vereins für Hamburgische Geschichte, Bd. 10 (1887), Heft 6 (Juni), S. 78–80.
Ein Hamburger Bildhauer 1691–1698. In: Mitteilungen des Vereins für Hamburgische Geschichte, Bd. 10 (1887), Heft 10 (Oktober), S. 132f.
Beitrag Hamburgs zur Wiedererbauung des abgebrannten Rathhauses in Sonderburg. In: Mitteilungen des Vereins für Hamburgische Geschichte, Bd. 10 (1887), Heft 11/12 (November/Dezember), S. 156f.
Beziehungen Hamburgischer Conterfeier zum Gottorfer Hof. In: Mitteilungen des Vereins für Hamburgische Geschichte, Bd. 11 (1888), Heft 3 (März), S. 195f.
Übersicht der Meister. In: Richard Haupt (Hrsg.): Die Bau- und Kunstdenkmäler der Provinz Schleswig-Holstein.. Band 3, Kiel 1889 (Digitalisat, Universitätsbibliothek Kiel).
Die Meister des Gottorfer Fürstenstuhls. In: Schriften des Vereins für Schleswig-Holsteinische Kirchengeschichte. Reihe II, Bd. 2 (1901), S. 87–96.
Die farbentragenden Verbindungen am Lübecker Gymnasium: ihr Recht und Unrecht, Brauch und Sitte aktenmäßig geprüft. Herold, Hamburg 1904.
Aus der Werkstatt des Dichters und Schriftstellers: Vortrag. Herold, Hamburg 1904.
Aus der Arbeit um Hamburgs Kunstgeschichte. 4 Broschüren Hamburg 1917.
Der Gottorfer Silberaltar. Das Werk und sein Meister. In: Schleswig-Holsteinisches Jahrbuch (1918/1919), S. 3–7.