Franzelin trat mit 18 Jahren, nach dem obligaten Noviziat, 1834 in die Societas Jesu. ein. Er studierte Philosophie und wirkte im Anschluss daran einige Zeit als Dozent in Tarnopol und Lemberg in Galizien.
1845 ging Franzelin an das Collegium Romanum der Gregoriana in Rom. Drei Jahre später entsandte ihn sein Orden nach Großbritannien. Später konnte er nach Rom zurückkehren und sein Studium erfolgreich zu Ende bringen. Sofort im Anschluss daran betraute man ihn dort mit einem Lehrauftrag; u. a. für orientalische Sprachen. Am 23. Dezember 1849 empfing er die Priesterweihe für die Gesellschaft Jesu.
Franzelin starb am 11. Dezember 1886 in Rom, nachdem er durch Pierre Jean Beckx, den Generalsuperior der Jesuiten, die Sterbesakramente empfangen hatte, und wurde zunächst auf dem Friedhof Campo Verano bestattet. Anlässlich seines 100. Todestages wurden seine Gebeine in die Pfarrkirche seines Geburtsortes Aldein überführt und dort am 19. Mai 1986 beigesetzt.
Nachwirkung
Die Mittelschule in Leifers trägt seinen Namen J. K. Franzelin.