Johan war Angehöriger der schwedischen Freiherren Gyllenstierna af Lundholm.[1] Seine Eltern waren der schwedische Staatsmann Nils Gyllenstierna (1526–1601) und Ebba Axelsdotter, geborene Bielke. Der spätere schwedische ReichsadmiralGöran Nilsson Gyllenstierna (1575–1618) war sein jüngerer Bruder. Johan vermählte sich 1595 in Stegeborg mit Komtesse Sigrid Brahe (1568–1617), einer Tochter von Peder Brahe (1520–1590). Aus der Ehe sind drei Söhne hervorgegangen.
Gyllenstierna hatte sich 1598 als Rittmeister der Schwedischen Adelsfahne im Thronstreit zwischen dem katholischen König Sigismund III. und dem lutheranischen Reichsverweser Karl IX. (Sigmunds Onkel) auf Sigismunds Seite gestellt und war dafür vom König zum Reichsadmiral ernannt worden. Johan hatte sich aber gegen den gleichzeitig vom Reichsverweser ernannten Reichsadmiral Joachim Scheel nicht durchsetzen können. Der unter seinem Kommando und mit dänischer sowie polnischer Hilfe ausgeführte Angriff der königlichen Flotte auf Älvsborg scheiterte. Gyllenstierna zog sich daraufhin nach Polen zurück, wo er Stifter der pommerellischen Linie Güldenstern wurde.[2]
Er war Erbherr auf Fågelvik. Er wurde in der Marienkirche in Danzig beigesetzt, wo sein Sohn Sigismund für ihn eine Grabkapelle errichtete.
Gyllenstierna af Lundholm, Johan Nilsson friherre (schwedisch, mit Titel); Guldenstern, Johann (deutsch); Güldenstern, Johann (deutsch); Guldenstern, Jan (polnisch)
