Ernanntes Mitglied des Europaparlaments und Staatssekretär
Während dieser Zeit war Mommersteeg ferner vom 22. September 1971 bis zum 11. Mai 1973 ein vom Parlament ernanntes Mitglied des Europäischen Parlaments. Darüber hinaus bekleidete er zwischen dem 29. September 1971 und dem 11. Mai 1973 die Funktion als Vorsitzender des Ständigen Ausschusses der Zweiten Kammer für Entwicklungszusammenarbeit (Vaste commissie voor Ontwikkelingssamenwerking).
Am 11. Mai 1973 wurde Joep Mommersteeg im Kabinett Den Uyl Staatssekretär im Verteidigungsministerium(Staatssecretaris van Defensie) und war als solcher bis zu seinem krankheitsbedingten Rücktritt zehn Monate später am 1. März 1974 zuständig für die Angelegenheiten der Personalbereitstellung, Personalführung, Personalpolitik und Personalbetreuung des freiwilligen und dienstpflichtigen Militärs und des Zivilpersonals, für Angelegenheiten der psychiatrischen und medizinischen Versorgung, der Aus- und Weiterbildung in der Bundeswehr und für Angelegenheiten der Kriegsdienstverweigerer aus Gewissensgründen sowie der Wehr- und Abfindungen. Während seiner Amtszeit als Staatssekretär kam es am 1. August 1973 zur Abschaffung der (Melde-)Begrüßungspflicht für Wehrpflichtige. Sein Nachfolger als Staatssekretär wurde am 11. März 1974 der bisherige Vizechef des Stabes der Königlich Niederländische Armee für Personal, Brigadegeneral Cees van Lent.
Wiederwahl in die Zweite Kammer und Mitglied des Europäischen Parlaments
Nach seiner Genesung kehrte Joep Mommersteeg in die Politik zurück und war zunächst zwischen dem 13. März 1975 und Januar 1978 Vorsitzender des Staatskommission für die Personalvorsorge der Streitkräfte (Staatscommissie van advies inzake de personeelsvoorziening voor de krijgsmacht). Am 18. Mai 1976 wurde er für die KVP auch wieder Mitglied der Zweiten Kammer der Generalstaaten, der er zunächst bis zum 8. Juni 1977 angehörte. Er war vom 21. Dezember 1976 bis 4. April 1978 Vorsitzender des Sonderausschusses der Zweiten Kammer für das Memorandum über internationale Kulturbeziehungen (bijzondere commissie voor de Nota Internationale Culturele betrekkingen).
Er wurde am 22. Dezember 1977 erneut Mitglied der Zweiten Kammer der Generalstaaten und gehörte dieser nunmehr bis zum 1. April 1982 an. Nach dem Zusammenschluss seiner Katholieke Volkspartij (KVP) mit der Anti-Revolutionaire Partij (ARP) und der Christelijk-Historische Unie (CHU) wurde er am 11. Oktober 1980 Mitglied des daraus hervorgegangenen Christen-Democratisch Appèl (CDA). Im August 1981 war er einer von sechzehn CDA-Parteimitgliedern, die nur deshalb gegen den Entwurf eines Koalitionsvertrags zwischen CDA, Partij van de Arbeid (PvdA) und Democraten 66 (D66) stimmten, weil Parteichef Van Agt bei Annahme zurücktreten würde.
Am 18. Januar 1982 wurde Mommersteeg für den CDA wiederum Mitglied des Europäischen Parlaments und gehörte diesem bis zum 24. Juli 1984 an. Während dieser Zeit schloss er sich der Fraktion der Europäischen Volkspartei (Christdemokraten) (EVP) an und war zudem vom 21. Januar 1982 bis zum 23. Juli 1984 Mitglied des Ausschusses für Außenwirtschaftsbeziehungen.[1] Bei der Europawahl 1984 verzichtete er auf eine erneute Kandidatur und war zwischen 1986 und 1990 noch Mitglied des UN-Menschenrechtsausschusses.