Amiguet studierte zunächst Politikwissenschaft an der Universität Lausanne. Nach Abschluss seines Studiums wirkte er dann als Techniker bei einer Reihe von Filmen mit. Er arbeitete unter anderem mit den Schweizer Regisseuren Alain Tanner, Marcel Schüpbach und Yves Yersin. Nachdem Amiguet 1991 eine eigene Produktionsfirma namens Zagora Films SA mitgründete, produzierte er seit 1994 vor allem Fernsehfilme.
Jean-François Amiguets filmisches Schaffen zeichnet sich durch Vielseitigkeit aus. So wechselt er beständig zwischen den Formaten, zwischen Kurz- und Langfilm, Spiel- und Dokumentarfilm, Kino und Fernsehen. Er führt häufig nicht nur Regie, sondern übernimmt auch Drehbuch und Produktion.
