Zwischen August 2005 und Juli 2006 diente Wolfenbarger als Director Air Force Acquisition Center of Excellence im Büro des Assistant Secretary of the Air Force for Acquisition im Pentagon und wurde in dieser Funktion am 1. Februar 2006 zum Brigadegeneral befördert. Im Anschluss folgte eine Verwendung als Special Assistant for Command Transformation to the Commander im Hauptquartier des AFMC auf der Wright-Patterson Air Force Base, von Januar 2007 an zusätzlich mit Zuständigkeit für die Abteilung Intelligence and Requirements Directorate. Ebendiese Abteilung leitete sie ab Juli 2008 gut eineinhalb Jahre als Direktorin, von Juni 2009 an im Range eines Generalmajors.[2]
Schon ein halbes Jahr später, im Dezember 2009, wurde sie zum Generalleutnant befördert und zur stellvertretenden Befehlshaberin des AFMC ernannt; diesen Posten bekleidete sie bis September 2011 und wurde daraufhin für neun Monate noch einmal zum Assistant Secretary of the Air Force for Aquisition ins Pentagon versetzt.[2][3]
Am 6. Februar 2012 nominierte US-PräsidentBarack Obama Wolfenbarger für die Nachfolge von Donald J. Hoffman als Befehlshaberin des AFMC.[4] Der Senat bestätigte die Nominierung am 26. März, Wolfenbarger übernahm das Kommando schließlich am 5. Juni desselben Jahres; ihre Beförderung zum General erfolgte im Rahmen der Kommandoübergabe.[5][6]
Am 8. Juni 2015 übergab Wolfenbarger das Kommando über das AFMC an General Ellen M. Pawlikowski und trat zum 1. Juli desselben Jahres in den Ruhestand.[7]