Jan Mertl spielt hauptsächlich auf der ATP Challenger Tour und der ITF Future Tour. Er konnte bislang 14 Einzel- und 12 Doppelsiege auf der ITF Future Tour feiern. Auf der ATP Challenger Tour gelang ihm bisher ein Sieg in der Doppelkonkurrenz. An der Seite des Kasachen Juri Schtschukin siegte er 2010 beim Turnier in Kasan, wo sie im Finale das deutsche Duo Tobias Kamke und Julian Reister besiegen konnten.
Zum 6. März 2006 durchbrach er erstmals die Top 200 der Weltrangliste im Einzel und seine höchste Platzierung war der 163. Rang im Juli 2007. Im Doppel durchbrach er erstmals zum 10. Juli 2006 die Top 200 und erreichte als Bestwert den 131. Rang im Juni 2007.
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