Jack Vaughn selbst wurde am 1. März 1966 als Nachfolger von Sargent Shriver zweiter Direktor des Peace Corps und bekleidete diese Funktion bis zum 30. April 1969, woraufhin Joseph Blatchford sein Nachfolger wurde.[4] Danach wurde er am 27. Mai 1969 zum US-Botschafter in Kolumbien ernannt und übergab dort am 9. Januar 1969 als Nachfolger von Reynold E. Carlson sein Beglaubigungsschreiben. Er verblieb auf diesem Posten bis zum 25. Juni 1970 und wurde danach von Leonard J. Saccio abgelöst.[5] Danach schied er aus Protest gegen die Außenpolitik von US-PräsidentRichard Nixon zurück, dessen Schwerpunkte im Vietnamkrieg und Nahostkonflikt lagen, während Vaughn eine Vernachlässigung Lateinamerikas befürchtete.
Nach seinem Ausscheiden aus dem Regierungsdienst fungierte Vaughn als Präsident der National Urban Coalition sowie als Dekan für Internationale Studien der Florida International University (FIU). Er war des Weiteren Direktor der internationalen Programme des Children’s Television Workshop (CTW), der unter anderem die ausländischen Versionen der Sesamstraße produzierte, sowie Präsident der Föderation für geplante Elternschaft PPFA (Planned Parenthood Federation of America). Darüber hinaus fungierte er zeitweilig als Vorsitzender von Conservation International (CI), die sich weltweit für Biodiversität einsetzt, sowie Vorsitzender von Ecotrust, einer zum Schutz der tropischen Regenwälder gegründeten Organisation.
Aus seiner ersten, geschiedenen Ehe mit Joanne Smith ging eine Tochter hervor. Aus seiner zweiten Ehe mit Margaret Weld stammten zwei weitere Töchter sowie ein Sohn.
↑Nach der Abberufung von Botschafter Joseph F. Farland fungierten Wallace W. Stuart (September 1963 bis Januar 1964) sowie Henry L. Taylor (April 1964 bis Mai 1964) als Geschäftsträger ad interim der Botschaft in Panama.