Von 1988 bis 1994 war Gohde Landespfarrer für Diakonie in der Evangelischen Kirche von Kurhessen-Waldeck. Von 1994 bis Juni 2006 war er Präsident des Diakonischen Werkes der EKD (wiedergewählt im Juni 2005 für fünf Jahre). 2000 bis 2007 war er Präsident des Europäischen Verbandes für Diakonie „Eurodiaconia“.
Am 21. Juni 2006 legte Jürgen Gohde nach Unstimmigkeiten mit dem Diakonischen Rat sein Amt als Präsident des Diakonischen Werkes der EKD nieder. Zu seinem Nachfolger wurde am 19. Oktober 2006 Klaus-Dieter Kottnik gewählt.
Am 2. Februar 2007 wurde Gohde zum Vorsitzenden des Kuratoriums Deutsche Altershilfe gewählt. Seitdem ist er als Vorsitzender des „Beirats zur Überprüfung des Pflegebedürftigkeitsbegriffs“ für den Bericht des Gremiums an das Bundesgesundheitsministerium tätig.
Im Dezember 2011 erklärte Gohde seinen Rücktritt als Vorsitzender des Pflegebeirats und übte gleichzeitig Kritik an der Pflegepolitik von Gesundheitsminister Daniel Bahr.